中国科学院南海海洋研究所成立于1959年1月，是中国科学院大学研究生培养单位之一，位于广东省广州市，濒临南海，是国立综合性海洋研究机构。

目前，由南海海洋所牵头，联合广州能源所和华南植物园等24家研究所筹建中科院南海生态环境工程创新研究院，联合自然资源部广州海洋地质调查局等50家单位筹建南方海洋科学与工程广东省实验室（广州）；同时，研究所现设有热带海洋环境国家重点实验室、中国科学院边缘海与大洋地质重点实验室（与广州地化所共建）、中国科学院热带海洋生物资源与生态重点实验室、中国科学院海洋微生物研究中心、中科院南海岛礁综合性研究中心、中国科学院中国-斯里兰卡联合科教中心（海外基地）以及广东省海洋药物重点实验室、广东省应用海洋生物学重点实验室、广东省海洋遥感重点实验室、海南省热带海洋生物技术重点实验室与海洋环境工程中心等；拥有大亚湾海洋生物综合实验站、海南热带海洋生物实验站、湛江海洋经济动物实验站、汕头海洋植物实验站、西沙深海海洋环境观测研究站和南沙深海海洋环境观测研究站；有“实验1”号、“实验2”号和“实验3”号3艘大型海洋科学考察船；在建由国家发改委批复“十三五”项目“实验”号新型地球物理综合科学考察船。还拥有仪器设备公共服务中心、海洋环境检测中心、南海海洋生物标本馆和海洋信息服务中心。

现有职工618人，研究员104人。研究生导师190人，其中博士生导师81人，专业学位兼职导师41人。共培养和引进中国工程院院士2人，国家万人计划6人，国家百千万人才工程5人，国家杰出青年基金获得者11人，国家青年千人计划3人，国家优秀青年基金获得者6人，中科院特聘研究员17人，中国科学院大学岗位教授17人。此外，还有基金委创新群体1个，中科院王宽诚率先人才计划“卢嘉锡国际团队”1个，中科院科技创新“交叉与合作团队”1个，中科院关键技术人才4人。

自建所以来，一直秉承着“追求真理、不断创新、科技报国”的价值观；面向“经略南海”和“建设21世界海上丝绸之路”的国家需求，践行“科教融合、育人为本、协同创新、服务国家”办学理念，以海洋特色学科为引领，涵盖海洋科学各专业，拥有海洋科学、环境科学与工程两个一级学科，物理海洋学、海洋化学、海洋生物学、海洋地质和环境科学五个二级学科，以及环境工程、生物工程和地质工程三个专业学位培养点；在2014年全国学科评估中，由南海所牵头和参与组织的国科大海洋科学和环境科学与工程两个学科均获得A+；同时打造具有国际水平人才培养新高地，创建了中国科学院中国-斯里兰卡联合科教中心。

自1978年招生以来，为国家输送各类人才1500余人，其中院士3名，省部级领导2人，大学、研究所等副厅以上领导15人，千人、杰青、长江、珠江、东方学者及大学教授等50多人等；近60年来，南海海洋所共取得科研成果近800项，获国家、中科院、部委和省市级成果奖260项，相关科技创新团队荣获中共中央授予的“模范集体”称号（2018年）；目前主持、承担中国科学院先导专项A、国家重点研发计划项目、国家科技基础资源调查专项、国家基金项目等300余项。